嫁接的原理主要基於以下幾點：
形成層對齊。嫁接時，需要將接穗和砧木的形成層緊密結合。形成層是植物的一個特殊組織，它能夠向外形成韌皮部，向內形成木質部。當接穗和砧木的形成層對齊並緊密結合時，它們可以相互生長和融合，形成一個新的植株。
細胞增生與愈傷組織形成。在嫁接接口處，接穗和砧木的形成層細胞會不斷分裂，形成新的薄壁細胞，這些細胞會填滿嫁接傷口的縫隙，然後接觸融合，共同分生新的形成層，最終將砧木、接穗二者的導管和篩管連線起來，使砧木根系和接穗生長結合成一個新的植物體。
利用植物的再生能力和癒合能力。當接穗和砧木的切口相互接觸時，它們會癒合並恢復生長，從而形成新的樹種。
親和力。嫁接的成功還取決於接穗和砧木之間的親和力，即它們在內部組織結構、生理和遺傳上能否相互結合。親緣關係越近的植物通常具有越高的親和力。
此外，嫁接還能增強植株的抗病能力、提高耐低溫能力、克服連作障礙、擴大根系吸收範圍和能力等。