孔乙己的悲劇命運是由多種因素共同作用的結果，主要包括：
封建科舉制度的負面影響。孔乙己深受封建科舉制度毒害，這一制度導致讀書人追求功名利祿，忽視實際技能和勞動，孔乙己由於無法考取功名，逐漸變得迂腐不堪，成為社會上的廢物和笑料。
社會環境的影響。當時社會環境對孔乙己的悲慘命運也有推波助瀾的作用，民眾的痳木不仁和冷漠，以及社會階層的對立和貧富懸殊，使得人們在面對孔乙己的不幸時，不僅沒有給予同情，反而加以嘲笑，這種社會環境對孔乙己的內心造成了極大的傷害。
孔乙己自身的性格弱點。孔乙己身上存在的一些性格弱點，如好喝懶做、自命不凡，也是導致他悲劇命運的原因之一，他無法放下讀書人的架子，適應社會現實，最終無法謀生，成為社會的犧牲品。
直接原因。孔乙己因為偷竊而遭到丁舉人的毒打，最終因傷重而困頓死去，這一事件直接導致了他的悲劇結局。