孢子體不親和性是指由產生花粉的植株（孢子體）的基因型決定的花粉不親和性現象。這種現象表現為花粉在柱頭上萌發受到抑制，或者花粉管不能穿透柱頭。這種情況常見於三細胞型花粉，並且與乾柱頭的特徵相關聯。孢子體不親和性是由花粉親本的基因所控制的自交不親和性。