完美世界2的故事圍繞著石昊和月嬋仙子展開。月嬋仙子是一個身世不明的神秘女子，她與石昊相識於荒域試煉場，並逐漸相愛。然而，隨著故事的發展，她暴露出其黑暗面，企圖吞噬石昊以掌控仙古遺地。最終，石昊發現了她的陰謀並打敗了她，但兩人也因此而產生了一段難以割捨的情感糾葛。
此外，故事中還涉及到了許多其他角色，如火靈兒、清漪等，他們也都有自己的故事和成長線。在完美世界2的世界觀中，還存在著許多神秘的組織和勢力，如天庭、天狐族、鯤鵬族等，這些勢力之間的爭鬥和合作也構成了故事的重要部分。
總的來說，完美世界2的故事是一個關於成長、愛情、背叛、爭鬥和和解的故事，它展現了一個充滿奇幻色彩的仙俠世界，同時也探討了人性的複雜性和多樣性。