宏都拉斯的港口主要包括卡斯蒂利亞港（Puerto Castilla）、科爾特斯港（Puerto Cortes）、羅阿坦島（Roatan Island）、聖洛倫索（San Lorenzo, HN）、聖彼得蘇拉（San Pedro Sula）、特古西加爾巴（Tegucigalpa）、比亞努埃瓦（Villa Nueva）、維蘭紐瓦（Villanueva, HN）、亞瓜索加港口（Puerto de Amapala）、帕拉斯港口（Puerto de Puerto Lempira）和拉巴斯港口（Puerto de La Ceiba）等。
這些港口中，科爾特斯港是最重要的港口之一，位於宏都拉斯北部，毗鄰加勒比海，是該國的國際貿易門戶，擁有現代化的設施和設備，能夠容納大型貨船和貨櫃船。亞瓜索加港是宏都拉斯唯一的太平洋港口，位於阿悉亞斯省，雖然規模較小，但其地理位置優越，為宏都拉斯與亞洲和太平洋地區的貿易提供了便利。