小丑魚可能會患有多種疾病，包括：
結核病。這是一種由細菌引起的疾病，可以在體外或體內發病。體外發病時，皮膚上會出現淡色雲斑；體內發病則會導致內臟損傷。初期症狀包括食慾減退、體表裂痕、皮膚腫瘤和鰓部損傷，最終可能導致眼睛突出、肝脾和心臟等器官嚴重損害。
弧菌病。此疾病導致皮膚出現淡色斑點，伴有食慾不振、行動遲緩和鰭及身體出血現象。
柱狀病。又稱豎鱗病，由柱狀細菌引起，導致魚鱗豎立和身體浮腫。
細菌性鰓病。由粘液菌引起，表現爲大部分皮層組織潰瘍、鰓充血和鰓腐爛。這種病在水溫高於28攝氏度、水中pH值過低或有機物含量過高時容易發生。
潰瘍病。由革蘭氏陰性菌引起，症狀包括爛尾和爛鰭。
敗血症。表現爲皮膚潰爛、出血、眼球渾濁和脫肛，死亡率較高。
此外，小丑魚還可能受到白點病、黑點病、水土不服、中毒、黑斑病等疾病的困擾。治療這些疾病通常需要及時的隔離、使用適當的藥物進行治療，並保持良好的水質和適宜的溫度。