小琉球百年榕樹的故事有很多，以下是其中兩個：
* 相傳古時候一位榕樹神為了造福百姓而歷經千辛萬苦從山上採藥，途中小榕樹為了接送路人，選擇為路人歇息。經過無數風雨雷電，終於神樹變成榕樹神，從此人們為了感謝這顆神樹為島民造福，將此樹奉為神明祭拜。島上居民也會為榕樹澆水、修枝，以保持其生長。
* 小琉球榕樹是一位老夫婦的化身。傳說中老夫婦彼此約定共同死在一塊，後人為他們掃墓時發現兩人的墓只有一個墓碑。在颱風之夜，常常聽到有人說在海邊聽到老夫婦對話，他們在海邊哭泣後相擁而化。天長日久人們認為這位榕樹神也常與海邊飄來的異鄉之人或外在大風大雨之際遠觀澎湖或夕陽美景相伴小琉球之經歷, 後人也將它視為了信仰之源,視其歷史傳奇的故事傳於民間，祭祀至今。
如需了解更多信息，建議您查閱相關文獻或聽從當地居民的講述。