《少年Pi的奇幻漂流》由三個故事組成，分別是大篇幅的自傳式小說，漂流中對信仰產生疑問的心理歷程，以及和同性“伴侶”的重逢與最後的尋父歷程。
- “我”創作的小說是第一個故事，是少年Pi的漂流經歷。在小說中，“我”是少年Pi，在小說里講了少年Pi的漂流經歷，而實際上講的是“我”自己。少年Pi是主人公，少年Pi和同性夥伴的重逢是第二個故事。在這個故事中，少年Pi的同性夥伴找到少年Pi並與其一同踏上尋找父親之旅。最後，第三個故事中，他們來到美國後與漂流中遇見的老人相遇，而這位老人竟然是少年Pi父親的好友。
- 小說部分是第一人稱敘述視角，描述了少年Pi在海上漂流時與一隻孟加拉虎（也叫“孟加拉白虎”）相互救贖的過程。
- 第二個故事中，少年Pi和同性夥伴在海上漂流時重逢並一起尋找父親。他們一起經歷了許多困難和危險，最終找到了父親並回到了家鄉。
這三個故事相互交織，構成了整個電影的情節。通過這個故事，電影探討了信仰、人性、家庭、友情等主題。