《尼爾：機械紀元》的故事發生在2077年的東京，描述了一群人被捲入到一場突如其來的大災難中的故事。主角們為了生存，並與神秘的外星生物戰鬥，從而拯救人類。在遊戲中，玩家將扮演三個不同角色之一，與各種敵人進行戰鬥，探索一個龐大而複雜的世界，並尋找人類生存的出路。
遊戲中的“尼爾”是開發團隊自己的品牌名稱，而“機械紀元”則是遊戲名稱的一部分。遊戲的整體故事和背景設定非常龐大，需要玩家深入挖掘和探索。同時，遊戲還包含了一些情感元素和人性探討，使得故事更加引人入勝。總的來說，《尼爾：機械紀元》是一個充滿冒險、戰鬥和探索的遊戲，它成功地將遊戲和故事融合在一起，為玩家提供了一個精彩絕倫的遊戲體驗。