屯田制在實施過程中逐漸暴露出多種弊端，以下是屯田制的弊端：
剝削過重。屯田制導致勞動的收穫與付出不成正比，農民和士兵得到的收益遠低於付出的勞動，這種不合理的剝削方式嚴重影響了屯田制下農民和士兵的積極性。
缺乏自由。屯田制度下的農民和士兵被束縛在土地上，缺乏身份和行動的自由，這種制度嚴重限制了他們的生活和發展。
土地兼併嚴重。屯田制實施過程中，土地逐漸被門閥豪族侵占，導致屯田制逐漸破壞，失去了原有的作用。
社會矛盾加劇。屯田制加劇了社會矛盾，尤其是貧富差距的擴大，以及官僚和貴族對土地的兼併，進一步加劇了社會不公。
刑罰嚴苛。為了防止屯田百姓逃亡，曹魏制定了嚴苛的刑罰，這種高壓政策反而加劇了百姓的逃亡現象，影響了屯田制的穩定性。
因此，到了魏元帝曹奐時期，屯田制已經形同虛設，政府宣布廢除民屯。