《峇里島的日子》的結局是充滿悲劇色彩的。以下是詳細介紹：
水晶向仁旭坦白，她真正愛的人是在民。仁旭雖然感到痛苦，但他決定理解並放走水晶。
在民無法接受水晶和仁旭在一起的事實，他決定挽回水晶的心。在民告訴水晶，他不會原諒她答應和仁旭結婚的事。
英珠為了挽救自己的婚姻，丟掉自尊地向在民表示，自己與仁旭沒有任何關係。但被在民拒絕。
仁旭和水晶的感情進展得很順利，但仁旭的母親無法接受水晶，水晶很是不安，再次拒絕仁旭的求婚。
在民決定將自己的全部留給哥哥，只要哥哥幫助他解決掉仁旭。在民的哥哥答應了在民的請求。
在民來找水晶，讓水晶等他，他會離婚與水晶在一起。在民對英珠提出離婚，告訴英珠這一切是為了要和水晶在一起。
最終，在民無法忍受仁旭和水晶在一起的事實，他開槍打死了仁旭和水晶。水晶臨死前對在民講出了心裡話「我愛你！」在民終於明白水晶的心意。
這一切的孽緣從峇里島開始，也從峇里島結束。