巢姓的起源主要有以下幾種說法：
出自上古有巢氏：
上古時期，有巢氏部落的成員為了防禦野獸侵害，發明了構木為巢，從而有了巢居的習慣。有巢氏的後代中有人以「巢」為姓。
以地名為姓：
春秋時期，巢國是一個存在於今天安徽省亳州市境內的小國家。巢國的始祖是姬姓後裔，因此巢姓得名。
周朝時期，大夫巢父為周文王的謀臣，曾勸諫周文王不要任用忠誠不足的賢士，同時又幫助周文王處理政務。周武王得勝後，為了表彰巢父的功勞，賜予巢父以巢為封邑，以巢作為氏族名稱，從而有了巢氏這個姓氏。
源於姒姓、嬴姓：
夏王朝末帝夏桀的後裔中，有人以居邑名稱為氏，稱為巢氏。
綜上所述，巢姓的起源較為複雜，涉及上古時期的傳說、春秋時期的小國、以及周朝時期的大夫封地等多個方面。這些不同的來源共同構成了巢姓豐富多彩的歷史背景。