《彈丸論破》的結局主要有兩種，具體如下：
真實結局。在遊戲中，分歧點出現在第五章，玩家在學級裁判中選擇是否揭露某個角色的真實身份，如果選擇不揭露，將進入第六章；如果揭露，則進入壞結局（Bad End），此時遊戲結束，主角死亡。真結局（Good End）是主角打敗最終Boss江之島盾子，並從學院中走出。
隱藏結局。在完成一週目遊戲後，玩家可以在EXTRA的SCHOOL STORE中以一定概率獲得92號禮物“逃脫開關”，使用這個禮物後觀看EXTRA的MOVIE欄會解鎖最後的電影“大家再見絕望學園”，這可以視爲一箇全員逃脫的影像CG。
此外，還有一箇被視爲僞結局的場景，雖然被視爲不良結局，但實際上是遊戲中的幻想CG。