微生物染色法是用於觀察微生物形態和結構的重要技術，包括多種染色方法，如簡單染色、負染色、革蘭氏染色、芽孢染色法、鞭毛染色、莢膜染色等。這些方法基於不同的染色原理，目的是更清晰地顯示細菌的特定結構或區分不同類型的細菌。例如，革蘭氏染色法通過使用結晶紫和石碳酸復紅等染料，將細菌分為革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌兩大類。
簡單染色法使用一種染液，通常用於顯示細菌的形態和大小。負染色法則是讓細菌本身不著色，而背景著色，常用於檢查細菌的莢膜。芽孢染色法專門用於顯示芽孢桿菌屬和梭狀芽孢桿菌屬等細菌中的芽孢，這些芽孢因其特殊的耐性而難以著色。
此外，還有針對細菌其他特殊結構的染色方法，如鞭毛染色和莢膜染色，這些方法使用特殊的染料和技術來顯示細菌的鞭毛或莢膜等結構。螢光染色法也是一種特殊技術，使用螢光染料來觀察細菌不同部位的形態。
在實際套用中，選擇合適的染色方法取決於研究的目的和觀察的微生物類型。例如，要區分革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌時，革蘭氏染色法是首選。而觀察細菌的芽孢時，則可能使用芽孢染色法。