微生物菌肥的製作可以通過以下兩種方法進行：
製作液體生物菌肥：
準備有機廢棄物（如菜葉、果皮、豆渣等）、糖、水和發酵劑。
將這些材料混合在一個密閉的容器中，進行發酵。
發酵完成後，過濾液體，並加入適量的氮、磷、鉀等肥料，即可得到液體生物菌肥。
製作固體生物菌肥：
將有機廢棄物、土壤、發酵劑和水混合在一起。
同樣放在一個密閉的容器中進行發酵。
發酵完成後，將固體晾乾並粉碎成粉末，即得到固體生物菌肥。
使用生物菌肥時，可以將它們施用於土壤中，以增加土壤肥力並促進植物生長。施用方法可以是直接與土壤混合，或者稀釋後噴灑在植物表面。
此外，製作有機肥時，可以將糞肥（如豬糞、牛糞、馬糞、羊糞、兔糞等）調製到半乾半濕的狀態，每5噸糞肥加入一包有機肥發酵劑，含水量控制在55%左右，堆高控制在1米以上，並注意通風。在升溫後進行兩到三次翻堆發酵，十到15天後即可得到有機肥。在使用時，每畝地可以加入一包微生物菌劑，製成微生物菌肥。