《忍者之刃》的操作方法如下：
移動。使用左下角的大滑動搖桿控制忍者移動，螢幕右下角的大按下按鍵可以發動普攻，連續按下可以發起連招，最後一擊通常會將敵人打飛。
技能發動。普攻鍵左側的小按下按鍵可以發動技能，且技能進入冷卻狀態，技能擊中敵人會獲得一層奧義點數，普攻鍵上方的小按下按鍵也可以發動技能，奧義點數達到四層才能釋放奧義技能，釋放後奧義層數會清零。
秘卷技能和通靈術。奧義技能上方的小按下按鍵可以發動技能，且技能進入冷卻狀態，秘卷技能需要在秘卷系統中裝備才能在遊戲中使用，每一個召喚獸在一局遊戲中只能被一個忍者召喚一次。
替身術。技能1左側的小按下按鍵可以發動技能，消耗兩個奧義點，無視僵直擊飛狀態，傳送到對手背後。
此外，遊戲中還有一些特殊操作，例如在跳躍狀態下再按一次跳躍鍵可以進行二段跳，有特定的牆壁或障礙物時，可以通過二段跳來跨越；在奔跑狀態下按攻擊鍵可以進入拔刀狀態，進行跳砍攻擊，這種攻擊方式不僅威力強大，而且在跳躍過程中可以躲避傷害；在某些特定場景下，可以通過反彈敵人的炮火或使用不同類型的飛鏢來克服障礙。