分辨黃水晶的真僞主要可以通過以下幾個方面：
色帶和顏色。真正的黃水晶色帶不規則，顏色有層次感，而假黃水晶色帶規則，顏色統一，不會有不規則的色帶或者顏色過深的顆粒。真正的黃水晶顏色鮮豔且有層次感，如果顏色過於均勻或者沒有色帶，可能是人工染色或假水晶。
硬度。真正的黃水晶硬度較高，用刀劃過表面不會留下痕跡。而假黃水晶會留下明顯痕跡。
孔道和棉裂。真正的黃水晶孔道較小，四壁平整，可能有輕微崩口或棉裂現象。而假黃水晶的孔道較規則或過大，可能過於完美。
內含物質。天然黃水晶可能含有一些自然形成的“棉”或裂隙等瑕疵。而合成黃水晶內部可能過於純淨，無暇。
價格。全淨體黃水晶價格相對較高。如果價格過低，尤其是顏色濃郁且無瑕疵的黃水晶，很可能是假貨。
斷口和內含物質。觀察黃水晶的斷口，天然水晶的斷口處能看出石質感。天然水晶或多或少會帶有一些自然形成的“棉”、裂隙等瑕疵。而合成水晶內部可能過於純淨，看上去十分完美無暇。
光學鑑別。在偏光鏡下觀察，天然水晶轉動時會有明暗變化。另外，某些天然水晶如紫晶具有二色性，而假晶則沒有。
通過這些方法，可以較爲準確地鑑別黃水晶的真僞。