慈雲寺有兩個不同的地點，一箇位於中國重慶市萬州區，另一箇位於山東省青島市膠州。
重慶萬州慈雲寺：
慈雲寺位於重慶萬州獅子山麓，瀕臨長江。
寺門左側有一石刻青獅，與長江對岸的白象街遙遙相望，因此有“青獅白象鎖大江”之說。
該寺始建於唐代，重修於清乾隆年間，是萬州有名的佛教勝地。
民國時期，雲巖法師募資擴建並更名爲慈雲寺，是當時全國惟一僧尼合廟的佛教寺院。
青島膠州慈雲寺：
慈雲寺位於青島膠州少海翡翠溼地公園內。
建築面積6177.9平方米，歷史悠久，清幽曠遠，清淨莊嚴。
慈雲寺本着修行、休閒、慈善、文化爲發展方向，成爲這一區域的重要佛教活動中心。
寺裏每年都要印經結緣，組織各種法事活動，定期舉辦具有佛教特色的佛教文化節、佛教晚會。
因此，慈雲寺可以指代位於重慶萬州的寺廟，也可以指代位於青島膠州的寺廟。