手工朱古力的保質期通常較短，因為它們不含商業朱古力中常見的保鮮劑。在夏天，手工朱古力可能在幾天內就會變質，而在冬天，其保質期可以稍微延長，大約為1個月。需要注意的是，應避免將手工朱古力直接放入冰櫃保存，因為這可能會影響其口味。
最佳的儲存條件是溫度保持在15-18度，濕度大約55%，在這樣的條件下，手工朱古力可以保存大約一個月。如果選擇冷藏保存，應該密封緊實，最好使用兩層保鮮膜包裹，以儘量排出空氣，這樣可以保存1個月左右。雖然冷凍保存可以使保存時間更長，但可能會影響朱古力的口感。
綜上所述，手工朱古力的保質期受儲存條件的影響較大，夏天可能只有幾天到一周，冬天大約為1個月，冷藏可以略微延長保質期，但不建議冷凍保存。