《拳皇XII》的故事發生在《拳皇》系列的時間線之後。故事圍繞著八神庵、莉安娜、哈迪倫、草薙等人展開。
在《拳皇XII》中，玩家將見到一群來自不同背景的角色，他們因為各自的理由而聚集在一起。主角草剃和哈迪倫一同展開了一場全球範圍的武鬥，他們通過各種不同的武藝，跨越全球各地去參與大會。此外，為了找回已逝好友和破壞曾經計畫現世的三神器，他們還要設法應對陸續出現的人們。這些出現的人們有的是為友情相助，有的是為了個人恩怨，有的則純粹只是覺得主角們阻擋了他們的道路。
故事還揭示了部分人物關係的改變，例如哈迪倫與莉安娜的關係。而原作中的宿敵們也在本作中展現了全新的關係和情感糾葛。此外，遊戲中的“逃亡者”和“捕食者”也成為了另一種全新的世界觀，展示了一場震撼而又美麗的傳說故事。