指示生物包括多種類型，具體如下：
浮游生物。這包括原生動物、輪蟲、枝角類和橈足類等。它們是水生食物鏈的基礎，對環境變化反應敏感，常被用於水污染調查。
着生生物。如真菌、藻類、原生動物等。這些生物附着於長期浸沒在水中的各種基質表面，可用於指示水體污染程度。
底棲動物。包括大型甲殼類、軟體動物、環節動物等。這些是水生無脊椎動物，移動能力差，其羣落結構變化可指示水體污染狀況。
魚類。魚類的健康狀況能全面反映水體總體質量。
細菌和藻類。某些特定的細菌和藻類（如霍甫水絲蚓、中華顫蚓、食蚜蠅幼蟲、細長搖蚊幼蟲等）能指示嚴重有機污染。
植物。如蜈蚣草（指示土壤石灰性）、地衣（指示空氣污染）、小龍蝦和貽貝（指示水質）、珊瑚（指示海水上升和海水溫度波動趨勢）等。
此外，還有一些特定的微生物種類，如跳側滴蟲、斜溝鞭蟲、長圓膜袋口蟲、湖累枝蟲和小口鐘蟲等，可用於生活污水處理和印染廢水處理中的指示生物。這些生物的選擇基於它們對環境的敏感反應、對污染物的指示能力以及在生態系統中的代表性。通過監測這些生物的種羣大小、年齡結構、密度、增長和繁殖率等要素，研究人員可以同步監測整個生態系統的健康狀況，瞭解環境污染、棲息地喪失或氣候變化等對自然物種的整體影響，甚至預測未來環境的變化。