使用掏耳勺時，首先選擇合適的掏耳勺，對於小孩，可以選擇帶有照明、頭部較柔軟的掏耳勺，以避免損傷外耳道皮膚。使用掏耳勺時應避免從耳道正中央進入，而是從耳道的一側輕輕進入，然後朝另一側移動，例如，從耳道後部進入後，向前拉動掏耳勺，或者從上壁進入後，向下用力，這樣可以更有效地清除耳屎，同時減少對外耳道皮膚的損傷。另外，可以在掏耳勺的另一端附加鵝毛，用於清理耳中碎屑。
在將掏耳勺探入耳朵時，不宜過深，應先放在耳道的前部，然後慢慢旋轉將耳屎推向耳道口。使用掏耳勺時應避免過度用力，如果感到疼痛或不適，應停止使用並調整方向或完全停止。對於小孩或對掏耳有特殊恐懼的人，可以考慮使用電動掏耳勺，這種工具通常帶有LED照明和適當的刷頭，可以更安全、更有效地清潔耳朵。
最重要的是，在使用任何工具清潔耳朵之前，最好先進行適當的消毒處理，以避免引入細菌，導致耳道感染。如果感到不適或疼痛，應停止使用並諮詢醫生。