《斛珠夫人》講述的是發生在九州大陸的大徵王朝的故事，主要圍繞帝旭、權臣方諸和奇女子海市三人的權利鬥爭和愛情故事。
在大徵沉重的珠稅壓迫下，漁民不得不採取極端手段，如絞殺親子以引鮫人落淚獲取鮫珠，以此繳納珠稅，葉海市就是這一悲劇的見證者。在生死攸關的時刻，她被途經此地的大徵權臣方諸所救，後被收爲徒弟並以男裝示人，改名爲方海市。在不斷的戰鬥和歷練中，方海市逐漸成長並建立了顯赫的聲望。在這個過程中，方海市與方諸之間產生了情愫，但由於方諸對方海市的保護使命和對大徵的忠誠，兩人之間的情感糾葛複雜而深刻。
此外，劇情還涉及了鮫珠的神祕力量和與其他角色的錯綜複雜的關係。