新疆烤包子的製作方法有很多種，以下是一種常見的做法：
和面。將麵粉、鹽、食用油和雞蛋放入盆中，慢慢加入清水攪拌成絮狀，然後揉成光滑的麵團，蓋上濕布鬆弛30分鐘。
準備羊肉餡。將肥瘦相間的羊後腿肉和洋蔥切丁，在鍋中加入食用油加熱，下羊油煸炒出香氣，過濾掉羊油和花椒。羊肉丁加入鹽、孜然粉、胡椒粉、清水攪拌上勁，再加入洋蔥丁和羊油拌勻，醃漬10分鐘以上。
製作包子皮。將麵團分割成小劑子，每個約35克，擀成薄片。
包製。將羊肉餡放在面片上，四邊對摺，製成包子形狀。
表面處理。在包子上刷一層全蛋液，撒少許白芝痲。
烤制。將包子放入預熱至230度的烤箱中，烤20分鐘，直至香脆。
以上做法結合了傳統新疆烤包子的風味和現代烹飪的便捷性，使烤包子既保留了傳統風味，又適合家庭製作。