新疆生產建設兵團之所以單獨存在，主要有以下幾個原因：
屯墾戍邊職責：兵團承擔著國家賦予的屯墾戍邊職責，實行黨政軍企合一體制，在新疆維吾爾自治區的範圍內自行管理內部行政、司法事務。
歷史背景：新中國成立初期，新疆周邊的國際形勢複雜，兵團的成立應對了當時的新疆周邊國際形勢，特別是西方敵對勢力對新疆的封鎖與威脅。
計劃單列：兵團受中國中央政府和新疆維吾爾自治區政府的雙重管轄，享有省級的許可權，並在國民經濟和社會發展方面實行國家計劃單列。
特殊社會組織形式：兵團實行黨政軍企「四位一體」的特殊管理體制，這種集黨政軍企「四位一體」並在國家實行計劃單列的特殊社會組織形式，從全國乃至世界範圍來看，都是獨一無二的存在。
以上四點，共同構成了新疆生產建設兵團單獨存在的原因。