新疆的三本院校包括：
新疆大學科學技術學院，現已轉設為新疆理工學院，是一所套用型本科層次普通高等院校，主要培養區域經濟社會發展所需要的高素質套用型、技術技能型人才。
新疆農業大學科學技術學院，這是一所專注於農業、生命科學的綜合性大學。
新疆財經大學商務學院，這是一所以經濟、管理、法律為主的綜合性大學，注重實踐教學和社會服務。
新疆醫科大學厚博學院，這是一所專注於醫學教育的院校。
新疆科技學院，前身是新疆財經大學商務學院，後轉設為公辦普通本科高校，歸屬自治區人民政府舉辦和管理。
以上信息匯總了新疆地區的主要三本院校及其特色。