方差分析中的互動作用是指兩個或多個因素對因變數的影響不是獨立的，一個因素的效果會隨著另一個因素水平的變化而變化。在SPSS中，重複測量方差分析可以用來研究這種互動作用，特別是在因素間存在互動作用時，一個因素的單獨效應會隨著另一因素的單獨效應發生變化。
互動作用的分析中，互動項的設定非常關鍵，其顯著性代表是否存在著互動效應。在雙因素方差分析中，如果互動項顯著，說明兩個自變數對因變數的影響不是獨立的，一個自變數的效應會隨著另一個自變數水平的變化而變化。
當自變數的個數超過一個時，通常要考慮變數之前的互動作用。雙因素方差分析同時考慮兩個自變數對因變數的影響，且需要考慮兩自變數之間是否有互動效應。雙因素方差分析可以進行主效應分析、互動效應分析、簡單效應分析、以及事後多重比較。
所謂的互動作用顯著，只要一個自變數對因變數的效應，在另一個自變數的不同水平上不同，不管是什麼方向，只要不是一致，就認為存在互動作用。