旗魚和劍魚雖然都屬於硬骨魚綱和鱸形目，但它們是兩種不同的魚類，有着許多顯著的區別：
背鰭不同。旗魚的背鰭特別發達，高聳且形狀像一面旗幟，是它們得名的原因之一；劍魚的背鰭相對較小，形狀更扁平。
體型和體色不同。旗魚的體型通常較小，體長很少超過3米，體重一般在90公斤以上，身體顏色多變，如紅色、紫紅色、藍色、黃色等，側面有白色縱向條紋；劍魚體型較大，體長可達3~5米，體重最大可達650公斤，整體呈現黑褐色，腹部漸變爲淺褐色。
食物不同。旗魚以魚類爲主食，有時也會捕食烏賊和甲殼類動物；劍魚的食物更加多樣化，包括魚類、頭足類動物、甲殼類動物以及其他海洋生物。
生活習性和棲息地不同。旗魚通常是遠洋魚類，喜歡生活在深海中，以高速遊動來捕捉獵物，其遊動速度非常快，甚至可以達到每小時110公里以上；劍魚更喜歡在近海區域活動，通常會游到淺海區域尋找食物，其遊動速度雖然快，但相對於旗魚來說還是稍遜一籌。
經濟價值和生態意義不同。旗魚因爲遊動速度快、肉質鮮美而受到人們的喜愛，是一種非常受歡迎的食用魚；劍魚的魚鰭被廣泛用於製作魚翅湯等高級菜品，因此也有一定的經濟價值。在生態系統中，旗魚和劍魚都是重要的頂級捕食者，對維持生態平衡和食物鏈的完整起着關鍵作用。