日本夜酵素的正確服用方法因產品而異。通常建議在晚餐或宵夜後服用，也可以選擇早晚空腹時服用，每天服用2到3次，每次服用間隔至少30分鐘以上。具體的服用方法包括：
使用湯匙取一定量的酵素原液（如2到3湯匙，約30毫升）混合3000毫升左右的溫開水（30度左右），每天早晚空腹各服用一次。
睡前半小時服用，每次4粒，用溫水送服。
在飯前半小時用溫水沖服，每天2到3次。
用溫開水稀釋後服用，注意水溫不宜過高。
每天喫1到3包，每一包裏面有五粒，喫飯之前用溫開水送服。
服用酵素期間應保證充足的睡眠，多喝水，避免夜間進食，以及維持營養均衡的飲食。具體請諮詢醫生或專家。