日本的主要航空公司包括：
日本航空公司(JAL)。全稱爲日本航空公司，簡稱日航，是日本的國家航空公司，總部位於東京，是寰宇一家成員之一，以東京成田國際機場和東京羽田國際機場爲基地，服務全球多箇航點。
全日空航空公司(ANA)。全稱爲全日本空輸株式會社，簡稱全日空，是日本的另一家主要航空公司，總部位於東京，以大阪關西國際機場和東京成田國際機場爲樞紐，是星空聯盟成員，以優質服務著稱。
此外，日本還有其他多家航空公司，包括J-Air、日本越洋航空(JTA)、日本通勤航空(JAC)、北海道空服、拉鍊航空、琉球通勤航空(RAC)、捷星日本航空、春秋日本航空等，這些航空公司提供接駁服務及往次要航點的短途航班。