日本在歷史上曾經殖民過幾個地區，主要包括：
臺灣：日本通過甲午戰爭擊敗清朝，迫使清朝簽訂《馬關條約》，割讓臺灣，並於1895年正式控制檯灣島。
朝鮮半島：日本在1910年通過逼迫朝鮮簽訂《日韓合併條約》，正式吞併了朝鮮，開始了對朝鮮長達35年的殖民統治。
樺太與千島羣島：庫頁島南部（樺太）和千島羣島原本是中國（清朝）的領土，但清朝對這個地方統治非常薄弱，所以很早就被日俄兩國滲透。1905年，日本擊敗沙俄，通過《朴資茅斯條約》獲得庫頁島南部，併成立樺太廳管理此地。千島羣島在1875年通過《庫頁島千島羣島交換條約》被日本獲得。
南洋廳：南洋廳是日本在第二次世界大戰期間佔領的地區，包括馬來西亞和帛琉等地。
需要注意的是，二戰後，日本被迫歸還了幾乎所有被侵佔的領土，除了琉球以外。美國在日本駐紮了大量軍隊，並建立了軍事基地，其中一部分就位於琉球。由於美國的干預，琉球至今仍然屬於日本，成爲了沖繩縣。