太平洋沿岸和瀨戶內海沿岸
日本的港口分布主要在太平洋沿岸和瀨戶內海沿岸。日本共有202個港口，其中主要港口有69個。這些港口中，東京港、橫濱港、名古屋港、大阪港和神戶港是最主要的五個基本港。
東京港位於關東地區，是首都圈地區與國內、海外各地運輸的節點，其腹地為擁有3000萬人口的東京圈及其周邊的關東北部、甲信越等廣大地區。橫濱港位於本州中部東京灣西岸，是日本最大的海港之一。名古屋港橫跨愛知縣，是日本最大的國際貿易港口之一。大阪港和神戶港則位於關西地區，分別是瀨戶內海和大阪灣的重要港口。
此外，日本的其他主要港口還包括油津、秋田、阿南、千葉、江名、福岡、福山、八戶、博多、函館、神戶、門司、大阪、沖繩、中關、長崎、那霸等。這些港口對於日本的工業分布和國際貿易起著至關重要的作用。