日本皇室有兩個主要的居所，一箇位於東京，另一箇位於京都。
東京皇居：位於東京都千代田區，原爲德川幕府所在地。明治維新後，明治天皇從京都遷居至江戶（今東京），並將此地改建爲皇居。東京皇居是日本皇室的官方居所，歷代天皇均居住於此。皇居的大部分地方不對公衆開放，只有東面的皇居東御苑對外開放，遊客可以參觀。
京都御所：位於京都，曾是日本皇室的居所，直到明治維新遷都到東京後才離開。京都御所現在是京都市內的古建景觀，對外開放供遊客參觀。
此外，日本皇室還有其他行宮，如仙洞御所、桂離宮和修學院離宮等，這些也是日本皇室的居所。