日本的主要船運公司包括：
商船三井株式會社（Mitsui O.S.K. Lines, Ltd.，簡稱MOL）：日本最大的海運公司之一，總部位於東京都港區。商船三井擁有業界第一位的LNG船隊，以及強大的幹散貨船和汽車滾裝船，集裝箱運輸領域則居世界10名左右。
川崎汽船株式會社（Kawasaki Kisen Kaisha, Ltd.，簡稱"K"Line）：日本三大航運公司之一，也是全球十大航運公司之一。川崎汽船旗下擁有400多艘世界最爲先進的航船，包括集裝箱船、汽車滾裝船、散裝貨輪、油輪和液化天然氣滾裝船。
日本郵船（Nippon Yusen Kaisha，簡稱NYK）：世界頂尖的船運公司，成立於1885年。雖然稱作“日本郵船公司”，但已與日本郵政集團無關。NYK的滾裝船隊規模號稱世界最大，其散貨船和油罐船隊也在全球名列前茅。
此外，日本的三菱重工業公司、石川島播磨重工業也是知名的造船企業。