明末清初的皇帝主要包括明朝和清朝的皇帝，具體如下：
明朝皇帝：
明神宗朱翊鈞（萬曆帝，1573年～1620年）
明光宗朱常洛（泰昌帝，1620年）
明熹宗朱由校（天啟帝，1621年～1627年）
明思宗朱由檢（崇禎帝，1628年～1644年）
清朝皇帝：
清太祖努爾哈赤（天命帝，1616年～1626年）
清太宗皇太極（天聰帝，1626年～1637年）
清太宗皇太極（崇德帝，1638年～1643年）
清世祖福臨（順治帝，1644年～1661年）
此外，還有一些明朝和清朝的重要人物也在這個時期內有所影響：
李自成，大順皇帝，推翻了明朝
張獻忠，大西皇帝，與李自成同時期
吳三桂，明朝末年的重要將領，後來投降清朝
這些人物和事件共同構成了明末清初的歷史背景。