《星際爭霸》系列的故事主要可以分為三個時間線，即蒙斯克的時間線、聯邦的時間線以及艾爾入侵時間線。
* 蒙斯克時間線主要是講述了由蒙斯克領導的黑暗帝國為了統一整個銀河系而進行的一系列鬥爭的故事。這條時間線中還提到了蒙斯克如何發現雷諾，並使其成為自己的工具，以及蒙斯克如何利用蟲族的故事。
* 聯邦的時間線講述了聯邦的建立、發展以及最終與蒙斯克帝國進行戰爭的故事。這個時間線中出現了不少角色，比如泰凱斯·芬利、吉姆·雷諾等，而一些重大事件如雷諾結識泰凱斯、黑色軍團建立，收養塔薩達之子，雷諾在休伯利安號上的生涯等，同時還有雷諾和泰凱斯的探險經歷如何讓他們了解蟲族的存在。
* 艾爾入侵時間線是聯邦的敵人——蟲族進攻人類的主因，是遊戲的核心設定之一。
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