《星際爭霸II》的故事發生在遙遠的未來，主要講述了三個種族間的衝突和冒險。這三個種族分別是：
1. 人類（Protoss），一個從其偏遠星球上崛起並占領了大部分銀河系的人類種族。
2. 星靈（Zerg），一個擁有高度先進的技術和進化能力的種族，但因為其生命形式是基於蟲群的，他們在面臨巨大生物體時需要大量吞噬物質和能量。
3. 異蟲（Xel'Naga），一個古老且神秘的種族，曾經為星際帶來秩序的異蟲。在星靈沉寂之時，異蟲重新崛起並試圖實現其原始的生態平衡理念。
故事的主要線索圍繞著三個種族的起源、衝突和對未知宇宙的探索展開。
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