《月姬2000》的攻略可以分為不同的章節和決策點，以下是主要流程攻略：
第一章「反轉衝動I」。去教室參加班會，然後在教室里吃午飯。準備回宅邸，思考妹妹秋葉的事情。在客廳與秋葉交談，然後好好睡覺。
第二章「反轉衝動II」。向秋葉打招呼，詢問關於弓冢五月的事情，並決定去探索。
第三章「反轉衝動III」。繼續尋找弓冢，表達對秋葉的感情。
第四章「昏之傷痕」。表示贊成某個觀點。
第五章「靜夢」。詢問秋葉轉校的原因，去她的教室，然後在客廳休息。探索別館。
第六章「沉夢」。如果感覺良好，直接去客廳。評論秋葉的制服，幫助翡翠。
第七章「昏之傷痕II」。向秋葉打招呼，去她的教室，與希耶爾學姐討論昨天的事情。
第八章「午睡之夢」。根據情況選擇行動。
第九章「吸血之鬼」。決定是否自己終結這件事，或者承認自己做不到。
第十章「熱帶夜」。探索東館的二層，決定是否離開秋葉的房間。
第十一章「望遠鏡」。根據情況選擇行動。
第十二章「某劇告終」。休息後決定是否追上秋葉，或者停下腳步。
在遊戲中，玩家的選擇將影響遊戲的結局。遊戲提供兩種結局：選擇「把這條命，還給秋葉」將進入溫暖的午睡（True Ending），而選擇「這種事，我做不到」則進入遠方的葦鶯（Normal Ending）。不同角色的路線也有不同的選擇和結局。