《東京喰種》主要講述了主角金木研在一箇現代日本東京的背景下，如何在一箇充滿挑戰和危險的世界中生存、成長和接受自己的故事。金木研原本是一箇普通的大學生，但在被喰種神代利世襲擊並移植了其赫子後，變成了半喰種。這一過程中，他遇到了其他喰種，並被迫捲入了人類和喰種之間的衝突。
金木研的生活充滿了挑戰，他不僅要面對喰種對策局的搜查官，還要對抗其他兇惡的喰種。在經歷了一系列的身體和精神上的挑戰後，他逐漸接受了自己的身份，並變得越來越強。在《東京喰種》的不同季度中，金木研的角色和故事也發生了顯著的變化。例如，在第二季《東京喰種√A》中，金木研失憶後被CCG收養，併成爲了QS班的老師和有馬貴將的弟子。而在第三季《東京喰種:re》中，金木研成立了新的組織黑山羊，並被稱爲獨眼之王。這些季度各自探索了金木研的內心世界和他與其他角色之間的關係。
總的來說，《東京喰種》不僅是一部關於超自然生物和人類之間衝突的故事，還深入探討了主角的身份、接受自我和成長的主題。