不同材質的枕芯清洗方法各異，以下是一些常見的枕芯清洗方法：
羽絨枕芯。不宜機洗，先放入冷水中浸泡20分鐘，再放入溫水中加中性洗滌劑浸泡15分鐘，使用軟毛刷輕輕刷洗。漂洗時可加入白醋，洗後用手擠出水分，陰涼處晾乾，並輕輕拍打以恢復蓬鬆。
化纖枕芯。使用溫和洗滌劑，可以機洗，建議包裹大毛巾以平衡水流，減少變形。需充分漂洗直至水清，洗後儘快烘乾或甩幹以恢復彈性。
乳膠枕芯。先用加有洗滌劑的冷水浸泡，用手輕壓後用清水衝淨。用乾布吸水後，放在陰涼處風乾，避免陽光直曬。
蕎麥皮枕芯。定期將蕎麥皮等填充物倒出，篩除碎屑，並在陽光下晾曬。
此外，對於難以清洗的污漬，可以在溫水中加入白醋、小蘇打、花露水和洗衣液，浸泡後用軟毛刷輕輕刷洗。清洗後，應將枕芯放在陽光下曬乾，以起到殺菌和去除異味的作用。