柑橘花芽分化的整個過程大約持續180天，從秋分開始，直到春分結束。
這個時期可以分為兩個主要階段，生理分化期和形態分化期。在生理分化期，植株開始積累營養物質、激素調節物質和遺傳物質，為花芽分化做準備。形態分化期則是在生理分化的基礎上，花芽開始經歷細胞分裂和形態變化，逐漸形成花器的各個部分。
溫度、光照和水分等環境因素對花芽分化有重要影響。適度的低溫、充足的光照和相對乾旱的環境有利於花芽分化。例如，長江以南地區的乾旱環境可以促進花芽分化。此外，不同柑橘品種的花芽分化時間也有所不同，受到地理位置和氣候條件的影響。