柑橘花芽分化是柑橘樹從營養生長轉向生殖生長的重要過程，主要分為生理分化和形態分化兩個階段。具體可參考如下：
生理分化。這一階段主要發生在每年的9月到12月，是花芽分化的起始階段，在這一階段，植物開始積累分化所需的物質，包括碳水化合物、氮肥比例、激素調節物質和遺傳物質，這個階段主要發生在植物的生長點細胞群中，為後續的形態分化奠定基礎。
形態分化。這一階段從11月下旬開始，持續至次年的3月中下旬，在生理分化的基礎上，花芽開始逐漸形成花萼、花瓣、雄蕊和雌蕊等結構，直至開花，形態分化的具體過程包括花芽分化初期、萼片分化期、花瓣分化期、雄蕊分化期和雌蕊分化期。
柑橘花芽分化的成功與否取決於多種因素，包括營養積累、激素水平、溫度、濕度、光照等，充足的營養積累、適當的低溫條件、適度的乾旱環境、適宜的光照條件都有利於促進花芽的分化，另外，內源激素如細胞分裂素和脫落酸可以促進花芽的形成，而赤黴素則起到抑製作用。