《名偵探柯南》中最好看的案件有很多，不同的觀眾可能會有不同的看法。以下是一些被多次提及且廣受好評的案件：
怪盜基德的瞬間移動魔術。這一案件展現了怪盜基德的高超技藝和與柯南的精彩對決，被認為是同類案件中的經典。
新幹線大爆破事件。這是TV中的一個特別出色的案件，以其爆炸物處理和緊張的節奏而著稱。
緋色篇。這個案件不僅為主線劇情提供了重要線索，還揭露了赤井秀一「死亡」的謎團，展現了角色間的鬥智鬥勇。
月光奏鳴曲殺人事件。這個案件的重要特點是犯人男扮女裝行兇，並在熊熊熄滅的房子裡漠然彈奏《月光曲》，給柯南留下了深刻的印象。
山莊繃帶怪人殺人事件。這是《名偵探柯南》中最恐怖的案件之一，給觀眾留下了深刻的童年陰影。
這些案件各具特色，無論是推理的複雜度、情節的緊湊性還是氛圍的營造，都展現了《名偵探柯南》在製作案件時的深厚功力。