《名偵探柯南》的主線故事涉及多個方面，主要包括：
工藤新一的偵探之路：作為故事的核心，工藤新一的偵探生涯從他變小後開始，以江戶川柯南的身份展開，試圖揭露黑衣組織的秘密。
黑衣組織的秘密計劃：黑衣組織是故事中的主要反派，其計劃和成員的行為構成了故事的重要部分。柯南的目的是揭露這個組織的真面目。
愛情線：新一和小蘭之間的愛情故事也是故事的主線之一，兩人的關係和情感發展貫穿整個系列。
少年偵探團的成立：柯南與吉田步美等人組成的少年偵探團，是故事中一個重要的組織，他們的活動和冒險也是主線的一部分。
黑暗組織的內部矛盾和行動：雖然黑暗組織的故事線在某些情況下被視為「主線」，但實際上，黑暗組織的存在更多是為了推動故事發展，而不是故事的核心。黑暗組織的內部矛盾和行動，以及與其他角色的互動，構成了故事的一部分。
其他角色的故事線：如世良姐妹一家、警校五人組的犧牲故事等，雖然不是主線，但也為故事增添了豐富的層次和深度。
綜上所述，《名偵探柯南》的主線故事是多方面的，不僅包括工藤新一的偵探之路和黑衣組織的秘密計劃，還包括了愛情線、少年偵探團的成立以及與其他角色的互動。這些元素共同構成了整個故事的框架。