植物的呼吸作用主要有以下幾個目的：
提供能量：植物通過呼吸作用將有機物質轉化為能量，這個過程稱為細胞呼吸，類似於動物的呼吸過程。植物的細胞呼吸發生在細胞的線粒體中，通過氧化有機物質來產生能量，這種能量被植物用於生長、維持生命活動和進行其他代謝過程。
維持細胞內的氧氣濃度並促進氣體交換：通過氣孔，植物可以吸收空氣中的二氧化碳並釋放氧氣，這對於維持植物的生長和光合作用非常重要。
調節水分蒸騰：當植物的氣孔打開時，它們會釋放水蒸氣，這有助於調節植物體內的水分平衡。
提供原料：呼吸作用產生的許多中間產物是合成碳水化合物、脂肪、蛋白質、核酸和各種生理活性物質的原料，從而構成植物體，調節植物的生長發育。
提供還原力：呼吸作用產生的NAD(P)H2, 可用於NO3-的代謝還原、胺基酸和脂肪的合成。
防禦功能：通過呼吸作用可消除致病微生物產生的毒素或消除感染，通過呼吸作用可修復被昆蟲或其它動物咬傷的傷口以及機械損傷。
維持植物體溫：呼吸過程中釋放的能量一部分以熱能形式散失，以維持植物體溫，促進代謝，保證種子萌發、幼苗生長、開花傳粉、受精等生理過程的正常進行。