植物扦插消毒的方法主要包括：
碘伏消毒法。使用碘伏塗抹在扦插切口處，讓其自然揮發，可以殺滅有害微生物。
酒精消毒法。將75%酒精塗抹在扦插切口處，待酒精蒸發後再進行扦插，主要用於表面消毒。
高溫消毒法。適用於抵抗高溫的種類，如將扦插枝在高溫條件下進行消毒，但這種方法使用痲煩，易受控制，可能侵蝕切口。
暴曬消毒法。將基質放在水泥地板上暴曬2~3天，可殺死病菌與蟲卵，但受天氣控制，且在大田中運用效果不佳。
藥劑熏蒸法。使用高錳酸鉀、甲醛、福馬林等藥劑進行消毒，這些藥劑需按比例稀釋後使用。
鋪蓋藥土法。使用多菌靈等殺菌劑與細土混合後撒於床面或混入覆土中。
紫藥水消毒法。將枝條浸泡在紫藥水裡，通常浸泡5分鐘左右，用於殺菌消毒。
盆土消毒。使用高錳酸鉀或多菌靈兌水噴灑容器或盆子進行消毒。
枝幹消毒。對枝條切口進行消毒，如用多菌靈兌水浸泡或塗抹紫藥水。
每種方法都有其適用範圍和操作步驟，可根據具體情況選擇合適的消毒方法。