《機戰Z再世篇》的故事主要圍繞著地球和黑暗戰鬥的復活開始，主人公天人組織在保護地球時，遭遇了敵人的突然襲擊。在戰鬥中，天人組織發現了一個名為黑暗戰鬥的陰謀，這個陰謀似乎與過去的歷史有關，並且與主人公的過去也有著千絲萬縷的聯繫。為了揭開這個陰謀，主人公和他的夥伴們開始了一場跨越宇宙的冒險之旅。
在冒險的過程中，他們遇到了許多新的夥伴和敵人，也遭遇了許多危險和挑戰。在這個過程中，他們逐漸發現了黑暗戰鬥背後的真相，並且與自己的過去和解。最終，他們成功地擊敗了黑暗戰鬥，保護了地球和其他宇宙的和平。
此外，《機戰Z再世篇》的故事中也融入了許多其他的元素，比如科幻、冒險、戰鬥等，這些元素共同構建了一個充滿想像力和刺激性的宇宙冒險故事。同時，故事中也涉及了許多關於友情、勇氣、犧牲和成長的主題，這些主題也使得故事更加深入人心。