《帝女花》故事講述了崇禎末年，長平公主周素瑤為報國讎家恨，女扮男裝改名換姓投身武當派，在武當山上與少年英雄周世顯（陳豪飾演）邂逅，兩人一見傾心，可惜身份差異甚大，難有結果。
此時，周父因救崇禎帝而死，周素瑤為救兄長，被迫與周家完婚，與周世顯的婚事也順理成章。 但素瑤為追求自由身，決心放棄宮廷生活而與周世顯私奔的故事。
帝女花劇情主要以周素瑤和周世顯從相遇、相知、相愛再到不能在一起的情感故事為主線，同時也交待了當時明代國家政治的紛爭和軍事的鬥爭。劇中人物關係複雜，包括宮廷內務、國家紛爭、感情糾葛等，是一部集愛情、宮廷、戰爭於一體的電視劇。