民族班的弊端主要體現在以下幾個方面：
專業選擇性相對較少：對於漢族學生來說，報考民族班的專業選擇性相對較少。一些專門為少數民族設定的專業，漢族學生是不能夠去報考的。
頂尖院校較少：民族類院校裡面頂尖的院校是比較少的，就業前景相對於其他學校來說也是比較一般的。
基礎能力參差不齊：由於大多數民族班學生來自經濟欠發達地區，家境比較貧寒，原所在地區教育資源欠缺，所以普遍存在外語、計算機及高等數學基礎比較差的弱點。此外，言語交際能力差、數理化基礎水平參差不齊也是一個問題。即使進入大學之前已經接受過為期一年的預科教育，但言語交際能力還是一個薄弱環節。
學習進度跟不上：由於基礎薄弱，一個學期下來，班裡大部分同學跟不上正常的教學進度，出現了大面積的不及格現象，同學中出現了厭學、曠課、逃課現象，上課紀律鬆散，考試作弊現象嚴重。
以上弊端主要針對漢族學生報考民族班的情況，對於少數民族學生，民族班則提供了降分錄取的優勢和預科選項，有助於他們更好地接受高等教育。