氯化銨具有刺激性和毒性，其對人體的危害程度取決於暴露的途徑和持續時間。其毒性作用如下：
皮膚和黏膜。氯化銨對皮膚和黏膜具有刺激性，可能引起眼睛結膜及呼吸道黏膜的慢性炎症。
消化系統。進入消化系統時，氯化銨可能引起化學性胃炎，嚴重時由於血氨增高，誘發肝昏迷。
肝臟和腎臟。氯化銨可引起肝腎功能損害，導致氮質血症和代謝性酸中毒。
呼吸道。氯化銨可增加支氣管分泌，導致呼吸道刺激和灼傷。
健康成人使用50克氯化銨可能導致重度中毒，而有肝病、腎病或慢性心臟病的人，即使少量也可能引起嚴重中毒。此外，氯化銨在農業中被用作肥料，對植物無害，甚至對棉痲類作物有增強纖維韌性和拉力的效果。